儒学传统中相当于自然科学的学问。由博物学与格物致知观念相互影响而形成于宋末，西学东渐后它成为连接传统科学和近代科学的桥梁。

　　中国有久远的博物学渊源，东汉出现唐蒙的专著《博物记》(190年前后)。晋张华所著《博物志》名扬后世，其同类著作《感应类从志》(295年前后)书名也显示儒流物理理论特色。唐李淳风的《感应经》和宋初名僧赞宁的《物类相感》延续博物学传统。在宋末，一本书将博物学与儒学的“格物致知”联系在一起。此书名为《格物麤谈》，内容不过是辑录《物类相感》中有关经验科学类的记载，这显然为程、朱穷理于“一草一木”的思想张目。朱熹的五传弟子朱震享将其医学著作命名《格致余论》，并序称“古人以医为吾儒格物致知一事”，莫若为朱世杰《四元玉镒》(1303年)作序称数学为“格物致知之学”，明曹昭撰《格致要论》(1387年)，后又有胡文焕将其范围广泛的考证题名《格致丛书》，至此儒流“格致学”的涵义初明。

　　明末西学东渐之际，有志西学之士以儒流格致学的见识接纳西方科学，徐光启开其先。1607年，他在《刻几何原本序》中说：“顾惟先生之学，略有三种：大者修身事天，小者格物穷理。”1612年，在《泰西水法序》中他更详细地说：“其教必可以补儒易佛，而其余绪更有一种格物穷理之学。凡世间世外，万世万物之理，叩之无不河悬响答。……格物穷理之中，又复旁出一种象数之学。象数之学，大者为历法，为律吕；至其他有形有质之物，有度有数之事，无不赖以为用，用之无不尽巧极妙者。”受徐光启影响，遂有国内熊明遇撰介绍西学的著作《格致草》(1620年)，驻华基督教传教士高一志著《空际格致》、汤若望著《坤舆格致》、南怀仁向康熙帝进《穷理学书》。这又激奋陈元龙著百卷本中国传统科学类书《格致镜源》(1735年)，阮元撰《畴人传》(1795～1799年)为儒流历算家243人立传，彰明中国格物传统之源流。

　　洋务运动期间，“格致”成为洋务派和传教士提高西学身价，以为引进西方科学技术的旗帜。改革派领袖之一的冯桂芬在1861年撰文《制洋器议》，强调西方算学、重学、视学、光学、化学等“皆得格物至理”。A．伟烈亚力、傅兰雅与李善兰合译I．牛顿的巨著《自然哲学的数学原理》，其译名亦用《数理格致》。教士丁韪良在京师同文馆任教，设“格物”课，译编教材《格物入门》(1866年)。徐寿与傅兰雅一起在上海开设“格致书院”(1874年)。创办《格致汇编》(1876～1890年)，普及西方科学知识。此后，以“格致”为题的一批自然科学通论著作面世，如《格致启蒙》《格致小引》《格物探源》《格致新机》《格致略论》《格致释器》《格致举偶》《格致问答题要》等，尚有王仁俊的《格致古微》(1896年)和江标的《格致精华录》等讲述中国传统科学的大型著作。

　　格致学的进一步发展超出中西科学的内容对应，进入方法论领域。1886年士子瞿昂来在格致书院的考试答卷中提出朱熹的《大学补传》与F．培根的《新工具》之间的方法论对比：“致知格物，《大学》仅列其目。朱子补之，辞意浑融，后之学者不易得门而入。惟其所补之说，与泰西格致家穷理之法相同。泰西格致之法，虽不创于英国宰相贝根(培根)，实赖贝根之新法，祛其误而辟其途。故西人言格致者多重贝根，亦数典不忘之意也。中国则失传已久，或谓格物之物，即物有本末之物，或谓一草一木亦须去格，而终不言格之法，即与物穷理穷之之法，幸有泰西格致之学出，其法备，其理明，而使中国数千年绝学复得见于今日。”

　　此言一出，培根学说风行中国，其《新工具》被译为《格物穷理新法》《格致实义》《格学新法》诸名。蔡元培于1901年为其友人的著作《化学定性分析》作序，把《大学》“格物致知”誉为：“实科学大法也。科学大法有二：曰归纳法，曰演绎法。归纳者，致曲而会其通，格物是也。演绎者，结一而毕万事，致知是也。二者互相为资，而独辟之智必取径于归纳。”

　　格致学的流传导致清政府于1886年在京师同文馆设“格物馆”，1898年改称“格致馆”。1902年《钦定学堂章程》中又规定“格致科”为分科大学的八科之一，并将其细分为天文学、地质学、高等算学、化学、物理学、动植物学六目。至此，格致学已被规范化。同年梁启超在《新民》丛报发表《格致学沿革考略》，追述它的历史。早在1883年王韬就曾建议科举考试增加“格致”，翌年郑观应又建议科举设格致科。虽然这些建议未被接受，但在科举制已废的情况下，1911年留日归国的章鸿钊和留英归国的丁文江仍被授予“格致科进士”。辛亥革命后，大学格致科改为理科，内容无所改变，但是“格致学”的名分就此终结。

　　源远流长的传统博物学以宋儒倡导“格物致知”的认识论为契机纳入儒学构架，在西学东渐之际，西方的科学技术又以儒学格物致知观念的延伸而被欢迎，并因而导致从儒学中分离出格致学。在格致学的名义下，中西科学汇流，进而又从“格致学”到“科学”，形成中国科学近代化的一大特点。