科学的发展有其内在的逻辑动力和自然地理条件以及社会的政治、经济、文化等外在条件。儒学作为中国传统科学发展的外在文化条件之一，由于其自身几经演变且分化为多种支派，它与科学的互动关系是很复杂的，加之科学社会学的理论不成熟，至今人们对这一互动关系的认识尚未一致。

　　在西学东渐之前，没有人注意儒学与科学的关系，至少它不是受人关注的论题。徐光启可能是第一个在西方文化冲击下对中国传统科学与文化进行反思的学者。他虽然提出著名的“中西会通”说，但他批评明儒不务实学，甚至说“失《十经》如弃敝屩”，表达他对儒学不重视科学的不满。那些主张“西学中源”说的学者，则援引儒家经典，论证儒学对科学的恩惠。

　　“五四”新文化运动，提倡科学和民主，奋力扫除反科学的文化环境。在“打倒孔家店”的呼喊中，不可能心平气和地讨论儒学与科学的关系。接着的30年代，中国科技史研究成果丰硕，但人们也少有关心儒学与科学的关系。70年代的“评法批儒”运动定下了“儒家阻碍科学发展”的基调。1976年后，人们冷静下来。儒学与科学的论题遂常常被讨论。尽管这类讨论尚不够深入，但分歧的意见已十分明显。

　　就儒学对科学发展作用的总体评价，大致可概括为消极说、中性说和积极说三种意见。消极说的主要论据基于儒家的伦理中心主义。中性说从两个视角论说儒学与科学发展无关：一是儒学没有提供科学的认识论和方法论，二是科学从未受到过儒家哲学的影响。积极说的基本出发点是儒家理性主义的可能作用。

　　在这类讨论中，一个类似悖论的见解被关注：基于儒家是中国传统文化的主流，消极说遇到中国传统科学何以一度领先世界的困惑。解围的辩解有两条进路：一条根据“社会需求”说，另一条借助道家主干说。需求说的偏颇很容易受到来自那些超现实需要的科学成就的反驳。科学发现和技术发明的“技术可能”说是必不可少的。

　　儒道互补文化背景下的中国传统科学 中国传统科学与其他传统学术一样，在春秋战国时期的百家争鸣中达到它的初次繁荣。但秦汉以降，大一统的政治格局和分散的小农经济，形成了以儒道相反相成的互补为基础的文化结构，并主宰中国近2000年之久。儒家多是伦理中心主义者，以探讨社会秩序为己任；而道家则是自然中心主义者，倾心体究自然秩序。这并不是说儒家不讨论自然秩序、道家不研究社会秩序。但是，儒家理解自然秩序喜欢以社会秩序为参照，而道家理解社会秩序习惯以自然秩序为参照。因此，从学术视角看，儒家文化提供了中国社会科学的原型，而道家文化提供的是自然科学的原型。在这两种进路下发展起来的中国传统科学，是自然科学与社会科学一体化的科学。在儒学的进路中，自然科学和技术的学问是附属的、第二位的。

　　任何文化都兼具认同与求异的二重性。认同性是文化继承的保障，而求异性则是文化发展的条件。对比儒道两家文化，可以看出儒家文化重认同，而道家文化主求异。儒家文化的认同性表现为儒家学者尊经崇圣的态度和传注解经的研究模式。道家文化的求异性则表现为道家学者的异端风骨和否定的思维方式。认同性文化被官方定于一尊而长存，就成为一种保守的国家意识形态。儒学的历史命运正是这样。作为意识形态的儒学，其保守性长期妨害科学的自由进取精神。

　　传统科学在儒学中的地位 在欧洲古希腊科学和近代科学革命之间，世界科学的高峰先后出在阿拉伯人居住的近东和远离欧洲的中国。但是，中国科学技术领先世界，并不表明科学技术在这一时期的中国文化结构中居主导地位。处在权势社会的中国，一切都以权势为中轴而运转。权本位的价值观把学者的心力引向仕途。整个传统科学在中国整体文化中只居辅助角色。科学在儒学中的附庸性更甚。

　　儒学的核心内容是伦理道德，其扩展的纲领是经世致用。作为儒学经典的五经(见六经)、四书全非科学书籍，作为经世致用的种种著作也主要阐述治国安民之道，少有科学技术方面的专著。但这并不表明儒学不包容科学内容。五经中最富科学意义的著作要算《易传》和《大学》。《易传》中不仅将古代许多重大技术发明归功于圣王，而且提供了一个对后世影响深远的科学研究纲领。《大学》中的“格物致知”说(见致知在格物)所包含的方法论，在众多科学家的手里开花结果。数学和天文历法，自汉以降就用来讲经、明道，宋元以后医学、数学等自然科学的学问作为儒家的“格物”之学，成为它的经世旁支。在清中叶以后数学成为显学，不少经学大师兼治经学与数学。在儒学的发展进程中，传统科学在其中的地位和作用是逐步加强的。

　　就儒学的逻辑体系考察，在德与智的关系上，儒学传统的德智并重、真善一致的思想，在理学中达到了逻辑合理的地步。孔子经常仁智共举，《中庸》将“尊德性”和“道问学”并列，但还缺乏逻辑联系。朱熹以“理”这一最高逻辑范畴和格致诚正修齐治平的因果链，逻辑上合理地阐述了他的由知人德的主智主义。这种新儒学体系在逻辑上为科学认识确立了明确的地位。

　　儒学的变革与传统科学的三次高峰 中国传统科学发展史上有三次明星璀灿、巨著迭出的高峰期。第一个高峰期出现在魏晋南北朝时期，刘徽、葛洪、贾思勰、祖冲之、祖暅、郦道元、陶弘景为其科学家代表。第二个高峰出现在宋元时期，王桢、秦九韶、李冶、杨辉、郭守敬、朱世杰、赵友钦等为其科学家代表。第三个高峰出现在晚明，李时珍、朱载堉、徐光启、徐霞客、宋应星、王徵等为其科学家代表。这三个科学高峰期与儒学的三次变革相关。

　　第一个科学高峰期与儒家经学向玄学转变、儒道联盟的过程大体相应。这个时期的科学成就突出表现在几何学方面，其成果的性质远超出实用的需求。促成几何理论发展的外部文化因素，来自东汉经学的批判精神和魏晋玄学论辩求理的影响。

　　第二个科学高峰期与新儒学形成和发展过程相应。新儒学的三个主要派别——气学派、理学派和数学派，从逻辑理性、数学理性和实验理性三个方面构筑了科学理性的基本框架。这一时期在数学、物理学和天文学诸方面的世界领先水平的科学贡献，与这种理性的时代背景直接相关。

　　第三个科学高峰与儒学中阳明心学的兴起和发展相应。心学的产生把“格物致知”从理学的“以物格物”发展到“以心格物”，亦即从孟子的感官“小体”发展到心智“大体”，使之成为一部方法论的双轮车。晚明时期中国放出的最后一道科学光彩，直接得力于阳明心学对理学的这一互补性的补充，还间接得助于心学所导致的解缆放船式的思想解放之力。