1582年，即明朝万历十年，意大利一位著名的耶稣会传教士利玛窦从印度来到中国传教。利玛窦是一位学者，他来到中国后，发现在中国掌权的是一个信奉孔孟思想的士大夫阶层，于是潜心研究汉语和《四书》，并把《四书》翻译成拉丁文，开启了孔子在西方世界的传播。他打扮成儒生模样，广交中国官员和社会名流，用中国人的语言和思维来解读圣经，对中国传统的习俗保持宽容的态度，容许中国的教徒继续传统的祭祖敬孔活动。利玛窦等意大利传教士在中国取得了很大的成功。清朝初年仍然重用意大利传教士，耶稣教会在中国发展迅速。康熙九年（1670年），全国各修会信徒共有27万人。

　　欧洲其他天主教各修会对耶稣修会在中国的成功十分嫉妒。1634年西班牙多明我会和方济各会来华传教，对耶稣会允许教友祭祖祭孔，仍然使用中国原有称谓称呼神灵极为不满。多明我会、方济各会与耶稣会间的教派分歧，在争夺传教权时，更为猛烈地撕扯开双方的神学分歧。从而由传教团体内部的分歧而扩至罗马教廷与清廷的政治性对抗。

　　1704年，教皇克勒门十一世发布严厉的祭祖祭孔禁约，翻译为中文呈康熙帝御览。康熙大怒，朱批：“以后不必西洋人在中国行教，禁止可也，免得多事。”并指出：“指孔子道理为异端殊属悖理，且中国称天为上帝，大小之人皆一样称呼，并无别说。尔西洋呼天主为陡斯乃意达理亚国之言，别国称呼又异。”雍正登基后，实行全面禁教政策，1724年，雍正批准礼部发布禁教令并通谕各省：着国人信教者应弃教，否则处扱刑；各省西教士限半年内离境，前往澳门。全国300座教堂均被没收，改为谷仓、关帝庙、天后宫或书院。

　　鸦片战争之后，中国的大门被列强的枪炮打开，西方传教士又蜂拥而至，纷纷在中国建立教堂，充当了列强占领中国的“精神鸦片”，“礼仪之争”演化为一件件血腥的“教案”。在孔子故里岀现了当地缙绅和百姓反抗外国传教士的“巨野教案”“兖州教案”等，然而由于国家羸弱，清政府屈膝求和，都以中国人的失败而告终。

　　中华民国成立后，祭孔作为国家大典被取消了。五四新文化运动以后，儒学在中国人心目中的地位再一次下降。而基督教经过20世纪20年代“非基督教运动”的冲击，也不得不自我反省，改变传教策略。1939年，罗马教廷传信部向中国天主教会发布解除“礼仪之争”的禁令：尊孔仪式不含宗教意义，不应禁止天主教学校悬挂孔子肖像。至此，长达数个世纪的“中西礼仪之争”终于结束。