金元时期，随着衍圣公品秩的提升，曲阜孔庙、孔林的修建也相当频繁。据清乾隆版《曲阜县志》记载，从金熙宗皇统二年（1142年）至元惠宗至正十六年（1356年）的二百余年间，孔庙、孔林先后重修扩建21次。

　　朱元璋建立大明政权伊始，于洪武元年（1368年）诏孔克坚去朝见，孔克坚以病推脱，遣子孔希学去南京觐见，朱元璋不悦，亲自写诏书送达孔克坚说：“尔祖宗垂宪万世，子孙宾职王家，代有崇荣，非独今日。吾奉天命安中夏，虽起庶民，然古人由民而称帝者，汉高祖也。尔言有疾，未知实否。若称疾以慢吾，不可也。”（孔府二门里《对话碑》）孔克坚于是立刻起程赶赴南京。十一月十四日，朱元璋在谨身殿接见孔克坚，并赐宅、马、米、田及郊祀膰肉等。封孔克坚之子孔希学为衍圣公，秩二品，晋阶资善大夫，朝会时位列丞相之后。赐祭田2000大顷，岁收以供庙祭文属官廪给，余为衍圣公奉禄。洪武六年（1373年），朱元璋对孔希学说：“今尔为袭封，爵至上公，不为不荣矣，此非尔祖遗荫欤？朕以尔孔子之裔，不欲以流内铨注，以政事烦尔，正为保全尔也，尔若不读书，孤朕意矣……”（孔府二门《对话碑》）。从此之后，衍圣公不再兼任地方官职，专以祭祀孔子为主事。同时，朱元璋下诏修孔庙、孔林，置林庙洒扫户一百一十五户（孔庙100人，孔林7人，书院8人），命在曲阜等州县选民间俊秀无过的子弟充当。洪武十年（1377年）奉敕创建衍圣公府，计有正厅五间，后厅五间，东西司房各十数间，外仪门三间等（见《阙里志》）。

　　洪武十五年（1382年）正月，孔子第五十七代孙孔讷袭封衍圣公。二月四日，在太学文庙中举行释奠礼，朱元璋以“已经有了衍圣公的爵位，不要再担任散官”为由，革丞相官，遂命衍圣公班列文官之首，授光禄大夫，赐诰与一品同，给三台银印。仁宗即位后，召衍圣公进京朝贺，因衍圣公于京城没有府宅而赁居民间，仁宗于是赐第东安门外，英宗复辟后又赐给了一处更大的府邸。六十一代孙孔弘绪袭封衍圣公以后，于成化五年（1469年）以宫室逾制被劾夺爵。下廷臣议宜袭封者，皆言世嫡相传，古今通义，乃命其弟孔弘泰代袭而后仍归其子。弘治十一年（1498年），从按臣请，复其冠带。

　　明孝宗弘治十二年（1499年）六月，曲阜孔庙发生重大火灾。巡抚何鉴奏言：“弘治十二年六月十六日夜子时，雷雨交作，火从宣圣家庙东北角起，延烧□庙五间，斋廊五间，东庑二十八间，寝殿七间，伯鱼庙三间，子思庙三间，西庑二十八间，大成门五间，手植桧一株。洪武诏旨碑文并楼，永乐御制碑文并楼，遂延烧大成殿七间，东便门六间，西便门六间，大成殿东西便门各三间，寝殿东西两便门各三间，启圣殿五间，毓圣侯庙三间。风息雨止，火乃熄灭。共计烧毁殿庑各房一百二十三间。”浙江道监察御史余濂奏请修孔子庙。秋七月，巡抚何鉴来相度庙工，发帑金十五万二千六百余两。自十三年二月至十七年正月，重建正殿九间，寝殿七间，大成门、家庙、启圣殿、金丝堂、诗礼堂各五间，移金丝堂于启圣殿之前，改奎文阁五间为七间，改大中门、二门、大门三间为五间，增快睹、仰高二门。遣大学士李东阳以香帛及御制碑文诣阙里祭告（见《阙里志》）。李东阳曾于弘治十六年来曲阜，利用孔庙修建余材扩建孔府，并将其女儿嫁给了孔子第六十二代孙衍圣公孔闻韶为妻。正德六年（1511年），刘六、刘七领导的农民起义军破曲阜城，进驻孔庙。次年按察使司佥事潘珍疏请即庙为城，移县附之。诏可。自正德八年（1513年）七月至嘉靖元年（1522年）三月，历时九年而新城竣工。同年七月兴工修阙里孔子庙，孔府也随之继续扩建。到嘉靖元年（1522年）孔庙竣工，而孔府仍在扩建中。继大学士李东阳以后，严嵩几次来曲阜督察，并将自己的孙女嫁给第六十四代衍圣公孔尚贤为妻。

　　嘉靖年间，仅孔庙、孔林等地所建立的牌坊就有数座，如嘉靖十七年（1538年）巡抚胡缵宗建金声玉振坊、二十三年（1544年）巡抚曾铣建太和元气坊、三十二年（1553年）御史冯某檄济南府、兖州府、曲阜县修葺殿寝楼庑斋阁门宇垣屋碑亭及家庙祖林计三十七所（孔承业《重建阙里林庙碑记》）。因李东阳和严嵩作为当朝权臣的直接参与，再加上孔庙余材的拨给孔府建设也形成了空前的规模，完成了孔府前堂、后寝的建筑布局。其制头门三间、二门三间，内有仪门，仪门之北正堂五间、东西司房各十间，后厅五间；穿堂与正厅相连，退厅五间，东西廊房各五间，左为东书房，右为西书房；退厅东南为家庙，祀高曾祖弥五代衍圣公。退厅之后为内宅，楼阁房屋不能具载（清乾隆版《曲阜县志》）。孔林的修扩也达到了空前的规模，根据记载，明代扩修扩建孔林达十次之多。

　　明时的衍圣公家族达到了全盛时期，生有荣典，死有哀荣，每有衍圣公过世，都会由工部给价造坟，皇帝还会派官致祭。衍圣公长子十五岁冠带后即可使用二品服色，次子十五岁便可承袭世袭翰林院五经博士，主持子思（孔伋字子思，孔子之孙）祀事；三子十五岁承袭太常寺博士，主持汶上县圣泽书院祀事。其二、三子之博士，每随一代衍圣公递为更授。

　　入清后，顺治元年（1644年），清世祖承认衍圣公在明代享受的全部特权，六十五代衍圣公孔胤植仍任衍圣公加太子太傅。朝见时衍圣公仍列内阁大臣之上。顺治三年（1646年），清世祖在北京太仆寺街赐给衍圣公府一座；七年（1650年）授衍圣公孔兴燮为太子少保；八年又晋为太子太保兼太子少保。康熙七年（1668年），六十七代衍圣公孔毓圻进京朝见，当时孔毓圻年仅十二岁，清圣祖康熙特许衍圣公孔毓圻由皇宫中间的御道上退出。康熙十四年（1675年）又晋升衍圣公为太子少师。康熙二十三年(1684年)玄烨幸阙里，亲行释奠，行三跪九叩礼。雍正元年（1723年），雍正帝追封孔子上五代祖王爵，衍圣公进京朝谢，病死北京。世宗雍正帝命大学士会同礼臣优议恤典，遣大臣及三品以上汉族官员吊丧，命皇三子及庄亲王护送灵柩，雍正亲自撰写碑文。同年六十八代衍圣公孔传铎封衍圣公。

　　雍正二年（1724年）六月，孔庙遭雷火，烧毁了孔庙大成门以内大部分建筑，雍正帝遣礼部侍郎王景曾来阙里祭告慰问，寻遣署工部侍郎马腊会同山东巡抚陈世倌、布政使博尔多相度重修。雍正三年八月兴工，因工程进展缓慢，撤去陈世倌职务，另委岳浚为巡抚负责工程，并派通政使留保前往曲阜督促在事人员，尽心协力办理修缮事宜。雍正还下谕旨：“凡殿庑制度规模，以至祭器仪物，皆令绘图呈览，朕亲为指授。”又谕曲阜孔庙正殿正门用黄琉璃瓦，两庑用绿琉璃瓦而以黄瓦镶砌屋脊。圣像由内务府匠人到曲阜用脱壳法制造。雍正四年（1726年），赐御书“生民未有”匾额。八年（1730年）八月孔庙竣工。钦定大门名曰“圣时门”，二门曰“弘道门”；改宣圣庙坊为“至圣庙”坊，参同门为“同文门”，燕申门为“承圣门”。共用帑金十五万七千六百两有奇。十月遣皇五子诣曲阜祭告孔子，又遣多罗淳郡王弘暻祭告崇圣祠五王（见《孔府档案》4987～4990卷）。据资料统计清代修缮孔庙、孔林、孔府等事项有二十次之多。

　　衍圣公与朝廷的密切关系，到乾隆时期达到巅峰。乾隆皇帝曾多次来曲阜，并颁御书“与天地参”、“时中立极”、“化成悠久”等匾额，重建棂星门，易木为石。对于乾隆与孔府的关系密切，多有猜测，包括七十二代衍圣公孔宪培的一品夫人于氏，与乾隆关系密切，孔府盛传于氏为乾隆之女。根据有关史料考证，当为乾隆义女而为官臣于敏中的女儿。后于道光年间在孔府东路建有于氏的祭祀专祠慕恩堂。于敏中被罢官后，其后裔也多寄居孔府。

　　清代衍圣公备受皇恩，直到清末。七十六代衍圣公进京为慈禧太后祝寿时，赏戴双眼花翎；宣统二年（1910年）孔令贻又赏穿带膆貂褂。民国二年（1913年），袁世凯下令所有衍圣公暨配祀贤哲后裔所受清代的荣典一切照旧，颁给衍圣公孔令贻一等大绶宝光嘉禾章。孔令贻于1919年病逝北京，1920年2月其遗腹子孔德成出生，四月大总统令孔德成袭封衍圣公。民国二十四年（1935年），民国政府令孔子嫡系裔孙改任为大成至圣先师奉祀官。至此，延续了八百多年的衍圣公封号免除。

　　衍圣公因得益于先祖孔子的荣耀，成为中国历史上经久不衰、世代腾黄、地位显赫的特殊公爵，与朝廷互为利用，成就了孔府天下第一家的美名，这在中国乃至世界上也是叹为观止的。

　　从元至清，孔庙神灵的设置都基本沿袭宋朝确定的格局。明初，朱元璋尊孔循礼，规定每年仲春和仲秋的第一个丁日，皇帝降香，遣官祀于国学。以丞相初献，翰林学士亚献，国子祭酒终献。清代，盛京即建有孔庙，顺治十四年(1657年)，就曾在弘德殿祭先师孔子。顺治定都北京后，在京师国子监立文庙，庙内有大成殿，专门用来举行每年的祀孔大典。文庙中还有启圣祠、燎炉、瘗坎、神库、神厨、宰牲亭、井亭等设施；尊孔子为“大成至圣文宣先师”，祀礼规格又上升为上祀，奠帛、读祝文、三献、行三跪九拜大礼，俨然与天、地、社稷和太庙的规格平起平坐。

　　（源资料/彭庆涛 整理/宋睿）