然而，发现儒学并不是一帆风顺的。秦的暴政及抗秦战争，社会生存条件毁坏，生产严重破坏，社会需要安定，生产需要恢复，人民需要休养生息，于是以道家清静无为为主综合各家的黄老之学，适应了现实政治生活的需要，成为社会主导学术思潮达60余年之久，儒学思想受压抑，汉景帝母亲窦太后，“好黄帝、老子言，景帝及诸窦不得不读《老子》，尊其术”。[12]一次黄老学派的黄生与儒家学派的辕固生在景帝前论争汤武是否受命的问题时，辕固生从儒学立场出发，说明汤武革命的合理性，黄生则从汤武非受命，证明其非法性，为此因“窦太后好《老子》书，召问固。固曰：‘此家人言耳。’太后怒曰：‘安得司空城旦书乎！’乃使固入圈击彘。上知太后怒，而固直言无罪，乃假固利兵。下，固刺彘正中其心，彘应手而倒。太后默然，亡以复罪”[13]，黄老之学得权势者支撑，儒学受遮蔽。
黄老的清静无为之学，随着社会经济的恢复和繁荣，冲突的显露和加深，特别是地方诸侯王势力的膨胀，造成吴楚七国之乱，对中央政府造成威胁，北方匈奴的不断掠夺边境，亦威胁汉王朝，为化解内外的冲突，以求长治久安，建构政治、经济、思想机制，黄老清静无为之学便不适应现实社会政治生活的需要了。
汉武帝为刘汉政权“传之亡（无）穷，而施之罔极”[14]，举贤良文学之士，以对策方式“垂问乎天人之应”；“三代受命，其符安在？灾异之变，何缘而起？性命之情，或夭或寿，或仁或鄙，习闻其号，未烛厥理”。[15]经董仲舒精心致思，认为汉武帝“所欲闻大道之要，至论之极”，实乃是“《春秋》大一统”问题。董仲舒说：“《春秋》大一统者，天地之常经，古今之通谊也。今师异道，人异论，百家殊方，指意不同，是以上亡以持一统；法制数变，下不知所守。臣愚以为诸不在六艺之科孔子之术者，皆绝其道，勿使并进。邪辟之说灭息，然后统纪可一而法度可明，民知所从矣。”[16]汉武帝根据当时社会所存在的政治制度、伦理道德、政令刑罚、礼乐教化、学术思想等等不一统的冲突，垂听而问贤良文学士，然“所举贤良，或治申、商、韩非、苏秦、张仪之言”[17]，不能化解这些冲突，唯董仲舒所建构的“天人感应”理论，回应了汉武帝“天人之应”的垂问，化解了上述种种冲突，在“汉承秦灭学之后，《六经》离析”之时，使后学者有所统一。董仲舒对册：“推明孔氏，抑黜百家”[18]，被汉武帝所采纳，“卓然罢黜百家，表章《六经》”[19]。这就是说，董仲舒、汉武帝在儒学遭秦“焚书坑儒”，《六经》离析之后，重新发现了孔子、重新发现了儒学，奠定了孔子在中华民族历史上的崇高地位及儒学的独尊价值。
董仲舒、汉武帝对儒学的重新发现，主要有这样几个方面：其一，“任德教而不任刑，”孔子说：“道之以政，齐之以刑，民免而无耻，道之以德，齐之以礼，有耻且格。”政刑之治与德礼之治的区别在于有没有羞耻之心，羞耻之心作为强烈的道德意识的自觉，其行为中正合德合礼，秦反之，“举措太众，而用刑太极”[20]故致速亡。董仲舒据此，认为秦政之弊在于“废德教而任刑罚”，他从道之大原的形而上的高度，提出“天道之大者在阴阳，阳为德，阴为刑；刑主杀而德主生……此见天之任德不任刑也”[21]。“王者承天意以从事，故任德教而不任刑”[22]，董氏依其“天人感应”理论，为“任德不任刑”的儒学德治的合理性、合法性做论证，使儒家的德治、德教被汉武帝所接受，并在现实政治生活中得以贯彻实行。
其二，“本仁祖义，褒德禄贤”。[23]汉武帝认为，以仁义为本始，这是五帝三王所以昌盛的原因所在。要国家兴旺，必须行仁义。“夫仁行而从善，义立则俗易，意奉宪者所以导之未明与？”[24]为贯彻“本仁祖义”，武帝派遣博士褚大等六人分别循行天下，“存问鳏寡废疾，无以自振业者贷与之。谕三老孝弟以为民师，举独行之君子，征诣行在所。朕嘉贤者，乐知其人，广宣厥道，士有特招，使者之任也，详问隐处亡位，及冤失职，奸猾为害，野荒治苛者，举奏。”[25]慰问鳏寡废疾而无所收入者，贷予钱物；嘉奖贤人；士子有殊才异行的，当特招任职。对不被任用，冤屈而失职的，要予以纠正；对奸猾为害，荒芜田亩，为政细刻的要举奏，以便惩治，这种行仁义的措施是有效的，可贵的。
董仲舒从人与我关系的视角分疏仁与义：“《春秋》之所治，人与我也，所以治人与我者，仁与义也。以仁安人，以义正我。故仁之为言人也，义之为言我也，言名以别矣。”[26]董仲舒的分疏，非指字形上仁从人，义从我，主要着眼于仁义的功能价值、对象内涵和人际意义，其着力点是爱人和正我，道法两家不爱人而自爱，这不是仁；不端正自我而去端正他人，这不是义。董氏认为，“仁之法在爱人，不在爱我；义之法在正我，不在正人”。[27]这是董氏对孔子“仁者爱人”的再发现，再诠释。
其三，“王道之三纲，可求于天”。[28]董仲舒认为“今汉继秦之后，如朽木粪墙矣。”[29]必须重建纲常伦理，使人人有所遵循，才不至于象秦那样“立为天子十四岁而国破亡矣。”[30]必须复修教化习俗，使人的行为有所遵循。董氏把儒家的君君，臣臣，父父，子子的思想阐发为三纲，“循三纲五纪，通八端之理，忠信而博爱，敦厚而好礼，乃可谓善。此圣人之善也，是故孔子曰：‘善人吾不得而见之，得见有常者斯可矣。’”[31]三纲五纪是社会伦理道德，是善的价值规范和准绳。